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국세심판원이 종합부동산세 부과 불복 관련 국세심판에서 처음으로 납세자의 손을 들어줬다. 국세심판원은 종부세 신고.납부 기한내 임대주택 합산배제 신청서를 제출하지 못한 A씨에게 2005년 귀속 종부세 240만원을 부과한 국세청의 처분과 관련 "(종부세 합산배제 신청은) 납세자의 협력의무에 불과하므로 합산배제 요건을 충족하는 한 감면을 허용해야 한다"며 과세 취소 결정을 내렸다고 22일 밝혔다. 심판원에 따르면 지난 2002년 8월 13일 쟁점주택을 경매로 취득한 A씨는 2005년 12월 12일 부동산 임대업으로 사업자등록을 했다. A씨는 그러나 2005년 종부세 신고납부기한인 그 해 12월 1∼15일에 임대주택 합산배제 신청을 하지 않았고 국세청이 이듬해인 2006년 2월 10일 종부세 240만원, 농어촌특별세 48만원 등 288만원의 세금을 결정고지하자 같은 달 22일 뒤늦게 임대주택 합산배제 신청서를 제출했다. A씨는 지난해 6월 심판청구를 제기하면서 "2005년 12월 부동산 임대업으로 사업자등록을 하고 총 16가구 중 15가구의 임대소득에 대해 2005년 귀속 종합소득세를 신고.납부했다"면서 "종부세 신고 기한 내 임대주택 합산배제 신청은 하지 않았지만 (합산배제 요건에 해당하는 만큼) 종부세 과세 처분은 부당하다"고 주장했다. 현행 종부세법은 임대주택법에 의해 지방자치단체에 등록한 임대사업자 중 과세 기준일 현재 소득세법 및 법인세법에 따라 사업자등록을 하고, 임대하고 있는 주택이 일정 호수 이상이면 합산배제 임대주택으로 인정해주고 있다. 그러나 임대주택법에서 규정한 호수에 미달하더라도 소득세법 또는 법인세법 규정에 따라 사업자등록을 한 경우에는 납세자의 선택에 따라 임대사업자등록을 한 것으로 간주하고 있다. 국세심판원은 결정문에서 "세법상 '감면신청을 한 경우에 한해 감면규정을 적용한다'고 신청을 조세감면의 필수적 요건(신청감면)임을 명시한 경우에는 신청을 하지 않는 자에 대해서는 감면을 배제하는 것이 옳다"고 설명했다. 심판원은 "그러나 종부세법에서는 '임대주택에 대해 과세표준 합산배제 규정을 적용받고자 하는 자는 종부세 신고기한 내에 신청해야 한다'고만 규정돼 있는데 이럴 경우 감면신청은 납세자의 협력의무에 불과하다"면서 "다른 감면요건을 충족하고 있는 한 감면을 허용(당연감면)해야 하므로 신고기한 내 합산배제 신청을 하지 않았지만 A씨에 대한 종부세 부과는 잘못됐다"고 결정했다. 국세심판원이 종부세 심판청구와 관련해 납세자의 손을 들어준 것은 이번이 처음으로 국세심판원은 최근 종부세 불복 심판청구에 대해 잇따라 기각 결정을 내려왔다. 그러나 이번 인용 결정은 합산배제 신청의 적용과 관련된 것으로 여타 종부세 국세심판과는 성격이 다른 만큼 여타 종부세 심판에 영향을 미치지는 않을 것으로 보인다. 심판원 관계자는 "그동안 제기된 종부세 관련 심판청구는 '근거과세 원칙 위배', '이중과세', '재산권 침해' 등을 이유로 종부세 부과를 취소해달라는 것들인데 이는 종부세 입법 취지나 근간과 관련된 것으로 모두 기각 결정이 내려졌다"면서 "이번 결정은 종부세 합산배제의 신청과 관련된 것이므로 다른 심판에 영향을 미치지는 않는다"고 말했다.